Seksi Tindak Pidana Khusus mempunyai tugas melakukan pengelolaan laporan dan pengaduan masyarakat, penyelidikan, penyidikan, pelacakan aset dan pengelolaan barang bukti, prapenuntutan, pemeriksaan tambahan, praperadilan, penuntutan dan persidangan, perlawanan, upaya hukum, pelaksanaan penetapan hakim dan putusan pengadilan yang telah mempunyai kekuatan hukum tetap, pengawasan terhadap pelaksanaan pemidanaan bersyarat, putusan pidana pengawasan, keputusan lepas bersyarat, dan eksaminasi dalam penanganan perkara tindak pidana khusus di wilayah hukum Kejaksaan Negeri.